Sono passati tre anni dalla conclusione degli eventi della serie televisiva. La Terra e la federazione di Jovian sono arrivati ad una tregua. Tuttavia, Akito e Yurika sono entrambi spariti, presumibilmente morti in una esplosione di qualche anno prima, ed una nuova minaccia per la pace si sta prospettando. Ruri Hoshino, ormai cresciuta e diventata capitano della tecnologica Nadesico B, decide di svelare il mistero.
