Ambientato in un non ben precisato futuro, in un angolo remoto della Via Lattea, su un pianeta molto simile alla Terra di nome Zay, l’Impero di Guylos e la Repubblica di Helic si fanno da anni guerra utilizzando ibridi composti di materiale organico e robotico simili a dinosauri, chiamati Zoids. Chi utilizza gli zoids è solitamente un avventuriero o un mercenario senza veri ideali, che lotta solamente per denaro. I protagonisti principali della serie sono il giovane Van Flyheight, la bella ed enigmatica Fiona, il bricconcello Irvine e l’energica trasportatrice Moonbay.